127 loài động vật có vú đã được tìm thấy tại đây, trong đó có 43 loài dơi. Trong số các động vật có vú lớn, người ta còn tìm thấy gấu bốn mắt, báo đốm, và thú ăn kiến khổng lồ. Vườn quốc gia có mức độ đặc hữu cao, 105 loài động vật lưỡng cư, trong đó có 50 loài cóc.

Số lượng các loài chim quan sát trong khu vực là trên 840 loài, chiếm hơn 60% tổng số loài của quốc gia Nam Mỹ này. Ngoài ra là 109 loài loài cá đã được xác định, có mặt tại các đồng bằng phù sa dưới 700 m. Trên độ cao 1.000 m, sự đa dạng loài của cá giảm xuống mãnh liệt.

Amboró là một trong những vườn quốc gia giàu có nhất trên thế giới về các loài thực vật với số lượng được ghi nhận khoảng 3.000 loài. Quần đảo đảo Hawaii có diện tích gấp 6 lần vườn quốc gia cũng chỉ có 2.800 loài, hay quần đảo Anh (gấp 65 lần diện tích của Amboró) chỉ có khoảng 2.000 loài. Hay là toàn bộ vùng thực vật California một trong những nơi đa dạng nhất trên thế giới cũng chỉ có 8.000 loài, cũng chỉ gấp 2,5 lần trong khi diện tích của nó gấp 170 lần. Các loài thực vật đặc hữu bao gồm gụ, thông, óc chó, dương xỉ khổng lồ cùng với vô số các loài phong lan.